合成水晶成分和結構與天然水晶完全相同，特別是當水晶內部非常干凈，看不到任何特征時連實驗室鑒定都有一定困難必須借助大型儀器。這種情況僅靠肉眼和十倍放大鏡等便攜儀器是很難區分天然和合成水晶的。但也有一個不太好用的方法，那就是把待測水晶放置在常溫下待其溫度穩定后用手感覺其冰涼的程度。一般來講，天然水晶更涼，而合成水晶或玻璃有溫感。但此法受天氣和環境影響較大，冬天不適用。而且因為個人對溫度的感覺有差異，所以只是個輔助鑒定手段。
但多數天然水晶中都會存在或多或少的內含物，就是行家常說的棉、綹、云霧、礦物包體等，形成綠幽靈，各色發晶等品種，一派生機勃勃。而合成水晶就比較干凈，但有時也會出現一些特征。出現下列特征之一的，即可確定為合成水晶：
（1）一段時間不擦的玻璃桌面上會落一層灰，這個現象大家想必都見過吧。如果在水晶內部看到類似"桌面灰塵"狀的現象，就是說晶體里有很多非常細小的灰色或白色小點點沿一個平面或幾個平行的平面分布，而晶體的其余部分又非常干凈。那基本上這就是合成水晶了。
（2）合成水晶中有時會有一些非常細的空管狀包裹體，這些空管也是基本平行的，有時會通到表面，也可能是一頭大一頭小，像釘子一樣的。這也只有合成水晶才有，可能是合成時的一些熔劑殘余。
（3）天然的水晶基本上沒有綠色的，或者說極為罕見。像綠幽靈、綠發晶等品種，里面的包裹體是綠的，但水晶本身還是無色透明的。所以市場上出現的大量綠色透明的水晶，顏色基本都是處理的，而且多數本身是合成水晶。玻璃很便宜的仿品，可以有各種顏色，有時還能做成半透明的，相對好鑒別一些。